Ojcem jego jest Słońce, matką Księżyc; wiatr wynosił go w swym łonie; karmicielką jego jest ziemia.Tablica szmaragdowa
Około roku 1667 lub 1668 Newton poważnie zainteresował się chemią. Już wcześniej czytał Boyle’a Eksperymenty i konsyderacje dotyczące kolorów oraz traktat o zimnie, które zapoczątkowały doświadczenia nad światłem i ciepłem. Teraz przeczytał inne jego świeżo wydane dzieło Pochodzenie form…. Systematyzując w charakterystyczny dla siebie sposób nową wiedzę w miarę jej nabywania, ułożył słownik terminologii chemicznej. Słownik świadczy o solidnej znajomości technik i materiałów stosowanych w chemii. Opisane są tam i narysowane m. in. różne rodzaje pieców: piec powietrzny, piec piaskowy, Bain-marie (łaźnia wodna), Balneum roris (łaźnia parowa) oraz Atanor, czyli leniwy Henryk (Piger Henricus), zwany też Furnus Acediae, stosowany przy powolnych trawieniach.
W 1669 r. w czasie pobytu w Londynie Newton zakupił dwa piece, szkło laboratoryjne, odczynniki oraz Theatrum chemicum, wielki, sześciotomowy zbiór traktatów alchemicznych. Wiadomo, że przynajmniej w latach osiemdziesiątych miał pracownię w ogrodzie Trinity College. Wcześniej być może prowadził doświadczenia w swoim pokoju. Newton miał jakieś kontakty z alchemikami, o czym świadczą kopie nie drukowanych traktatów wśród jego papierów. Niewiele jednak wiadomo o tych jego alchemicznych znajomościach ani też w jakim stopniu wprowadzony był w Sztukę przez innych adeptów, a ile odkrył sam na podstawie lektur, jak to było z innymi dziedzinami wiedzy.
W latach siedemdziesiątych, gdy toczyła się dyskusja na temat teorii światła i zaczęły rozchodzić się wiadomości o matematycznych osiągnięciach Newtona, on sam zajmował się już głównie alchemią i teologią. Pozwala to częściowo zrozumieć zniecierpliwienie, jakie budziła w nim polemika na temat optyki. Collins informował w 1676 r. Jamesa Gregory’ego, że niemal od roku nie ma kontaktu z Newtonem, ponieważ ten jest
skupiony na studiach i praktykach chemicznych, i zarówno on, jak i doktor Barrow i inni zaczęli uważać, że spekulacje matematyczne stają się co najmniej pedantyczne i suche, jeśli nie odrobinę jałowe [43].
Zainteresowanie się Newtona chemią było chyba nieuniknione. Reakcje chemiczne są fascynujące dla każdego, kto ma okazję zobaczyć je na własne oczy, zjawiska są skomplikowane, zaskakujące, czasem nawet dramatyczne, zależne od wielu czynników i niełatwe do szczegółowego opisania, nawet jeśli dysponuje się obecną wiedzą. Jedną z charakterystycznych cech procesów chemicznych jest aktywność, nasuwająca obserwatorowi skojarzenia z życiem. Trudno się dziwić, że Newton zajął się badaniem zjawisk, które tak naocznie świadczyły o działaniu skomplikowanych sił w naturze.
Newtona zawsze interesowały przede wszystkim kwestie podstawowe. Filozofia mechanistyczna dostarczała pojęć potrzebnych do opisu zjawisk, na razie jednak była raczej programem badawczym. Naukowa chemia, oparta na eksperymentach i pomiarach, miała powstać dopiero później. Nieuniknione było więc sięgnięcie do ezoterycznej tradycji alchemicznej, która mogła kryć cenną wiedzę o materii. Alchemia pozostawała przedmiotem badań Newtona przez trzydzieści lat. Mniej więcej połowa alchemicznych manuskryptów Newtona przypada na ostatnie lata w Cambridge, w tym również na okres już po napisaniu Principiów i odkryciu, że spekulacje matematyczne bynajmniej nie muszą być jałowe. Matematyczna nauka Principiów najwyraźniej nie wykluczała dociekań alchemicznych.
Humphrey Newton, krajan z Grantham, był jego pomocnikiem w latach 1685-1690. To on przepisywał powstające wtedy Principia. W jego późniejszych wspomnieniach lata spędzone przy Newtonie kojarzyły się jednak nie z Principiami, lecz z pracą w laboratorium. Newton rzadko wtedy kładł się spać przed drugą, trzecią w nocy, a czasem nawet o piątej lub szóstej rano – na kilka godzin,